В марте 2015 года АО (заказчик) и ООО (поставщик) заключили договоры поставки оборудования. В 1 и 2 кварталах поставщику перечислена частичная предоплата за оборудование, с которой исчислен НДС. В октябре оформлены счет-фактура и товарная накладная. В декларации за 4 квартал ООО отразило полную стоимость оборудования, исчислив налог к уплате, а в сумму вычетов включило НДС с полученных в 1 и 2 кварталах авансов.

Когда компания отчиталась по НДС за 1 квартал 2016 года, в ходе анализа этой декларации и декларации по налогу на прибыль за 3 месяца 2016 года налоговая поняла, что оборудование частично отгружено в 4 квартале 2015 года, а частично – в 1 квартале 2016 года.

Так что при камералке за 1 квартал 2016 года инспекция доначислила НДС, пени и штраф, поскольку компания не включила в налоговую базу стоимость продукции, отгруженной в этот период.

В возражениях на акт проверки компания пояснила, что доначисления приведут к двойному налогообложению одной и той же сделки, поскольку налог исчислен и полностью уплачен в 4 квартале 2015 года.

Инспекция настаивала, считая, что до вынесения решения компания могла представить уточненку за 4 квартал 2015 года.

Суды трех инстанций (дело № А52-790/2017) отменили решение инспекции, разъяснив, что налогоплательщик освобождается от штрафа при наличии переплаты на дату уплаты налога, которая не зачтена в счет иных платежей. В данном случае, несмотря на пояснения налогоплательщика, инспекция лишь констатировала неполную уплату налога. Факт перечисления НДС с реализации кварталом ранее инспекция при вынесении решения не учла. 

Суды (постановление кассации Ф07-2993/2018 от 19.04.2018) признали, что допущенные налогоплательщиком нарушения не повлекли неуплату или неполную уплату налога, основания для штрафа отсутствовали.