По результатам выездной проверки ИФНС доначислила компании НДС, налог на прибыль, пени и штрафы, указав на отсутствие документов, подтверждающих расходы, и счетов-фактур. Проверка проводилась на основании документов, частично представленных налогоплательщиком, материалов встречных проверок и копий первичных документов, полученных в МВД (ранее изъятых у компании). На неоднократные требования инспекции о представлении всех документов компания не отреагировала, запрашиваемые документы не представила, несмотря на предоставление времени (проведение налоговой проверки приостанавливалось), представители компании от дачи показаний отказывались. Допрошенный представитель компании отказался сообщить, где находится часть первичных документов, не изъятая следственным управлением МВД. Кроме того, в ходе проведения проверки компания препятствовала проверке: изменила место своего нахождения, сменила состав учредителей. Инспекция исчислила налоговые обязательства компании расчетным путем.

Компания оспорила решение инспекции в суде, представив восстановленные счета-фактуры, товарные накладные, товарно-транспортные накладные (частично), доверенности на получение ТМЦ.

Суды трех инстанций (дело № А32-38682/2012) отказали в удовлетворении требований, указав на отсутствие уважительных причин для непредставления этих документов инспекции. Кроме того, компания документально не подтвердила проведение мероприятий по восстановлению документов, запросы, адресованные контрагентам, с подтверждением факта их вручения адресатам, не представлены. Ряд контрагентов прекратили свою деятельность путем реорганизации либо исключены из ЕГРЮЛ в связи с ликвидацией, то есть документы не могли быть восстановлены указанными фирмами и, по мнению судов (постановление кассации Ф08-5037/2016 от 19.08.2016), являются недостоверными.